В случае окончания срока действия временной регистрации ИП снимают с учета автоматически, поэтому самостоятельно подавать заявление вам не требуется. Указание на это есть в статье 22.3 Закона "О госрегистрации":
Государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с аннулированием документа, подтверждающего право данного лица временно или постоянно проживать в Российской Федерации, или окончанием срока действия указанного документа осуществляется на основании поступившей в регистрирующий орган в установленном Правительством Российской Федерации порядке информации об аннулировании указанного документа или на основании окончания срока его действия с учетом содержащихся в государственном реестре сведений о таком сроке.