Компания на УСН с объектом доходы-расходы может включать затраты на эквайринг в состав расходов на основании пп. 9 п. 1 ст. 346.16 НК РФ.

В данном случае оплата расходов на эквайринг производится путем зачета встречных однородных требований, которые выставляет вам агент (маркетплейс). Эта возможность должна быть предусмотрена договором. В таком случае УПД не выставляется.
При взаимозачете составляется акт, который является первичным бухгалтерским документом.
Но стороны могут договориться, что вместо акта агент составляет отчет (в данном случае, видимо, это отчет о перевыставлении услуг эквайринга). Этот отчет будет считаться первичным документом, если в нем будут все реквизиты, предусмотренные п. 2 ст. 9 закона о бухучете № 402-ФЗ.

Если отчет соответствует всем требованиям, на наш взгляд, можно включать суммы из него в состав расходов.