При реорганизации путем присоединения происходит смена собственника имущества организации, поэтому увольнение происходит на основании статьи 81 ТК РФ. Срок увольнения по этому основанию - не более трех месяцев с момента смены собственника. Решение об увольнении должно быть сообщено письменно. Минимальный размер компенсации уволенному руководителю - три месячных оклада (статья 181 ТК РФ). Тот факт, что руководитель является еще и учредителем, на его трудовые права не влияет, но, естественно, с ним должен был быть заключен трудовой договор (еще до реорганизации). Если трудовой договор не заключался, то и порядок увольнения на такого руководителя не распространяется.