Здравствуйте!
Да, с начала 2025 года из суммы отпускных нужно выделять НДФЛ с районного коэффициента. На это прямо указывает ФНС в письме от 28.01.2025 № БС-4-11/739@ (https://www.nalog.gov.ru/rn77/about_fts/about_nalog/15667468/).
Из него следует, что часть выплаты (например, оплата отпуска), рассчитанная исходя из средней заработной платы, относящейся к суммам районных коэффициентов и надбавок за работу в районах Крайнего Севера, относится к налоговой базе, облагаемой по ставкам из п. 1.2 ст. 224 НК РФ.
Поэтому РК и аналогичные надбавки, которые вошли в средний заработок при расчете отпускных, нужно выделять в отдельную базу. Выплата без учета РК облагается по шкале от 13% до 22%. А сумма, начисленная по РК, облагается по ставке 13% или 650 тыс. + 15%. В уведомлении об исчисленных суммах НДФЛ с РК нужно указывать отдельно, так как у него иной КБК.