Существует негласная установка от ФНС, что при наличии кассового аппарата надо пробивать чеки на все товары, а не только на подакцизные. В то же время в законе нет требования применять кассу для всех товаров, если обязанность выдавать кассовый чек установлена только для определенных товаров.
Советуем уточнить этот вопрос в своей налоговой. В любом случае вы ничего не теряете, потому что налог на ЕНВД считают не от выручки, а от площади магазина.