Добрый день!
В соответствии с п. 78 Приказа Росстата от 22.11.2017 № 772 собственники организации, не получающие заработную плату, не подлежат включению в среднесписочную численность сотрудников (ССЧ).
Таким образом, в отчет необходимо включить только того учредителя, что исполняет обязанности генерального директора на основании трудового договора.
Обратите внимание, что незаключение трудового договора с директором возможно лишь в ситуации, когда он является единственным учредителем организации. В вашем случае трудовой договор обязателен.