Здравствуйте, каких-то специальных штрафов за отсутствие договора аренды законом не предусмотрено. Для ЕНВД это может стать основанием налоговых споров при расчете налога, но на УСН расчет налога не связан с занимаемой торговой площадью.
Однако, если договора аренды нет, то при отсутствии документов, подтверждающих уплату аренды, налоговые органы могут признать фактическое действие договора безвозмездного пользования. Сумма не уплаченной арендной платы может быть признана экономической выгодой (сопоставимо с арендой аналогичных площадей) и добавлена в налоговую базу.
Кроме того, возможны проблемы с другими госорганами - Роспотребнадзором, Пожарной инспекцией, СЭС, местной администрацией, которые могут потребовать обосновать ваше нахождение в этом помещении. Без письменного договора неясен его срок, а ведь договоры с недвижимостью сроком более одного года должны пройти госрегистрацию.
Со всех точек зрения договор аренды лучше заключить.