Да, в такой ситуации подавать 6-НДФЛ по филиалу необходимо как по окончании 9 месяцев (срок — до 1 ноября 2021), так и по окончании всего 2021 года (срок — до 1 марта 2022). Этот отчет заполняется нарастающим итогом с начала года, значит, он будет с показателями, ведь до июня выплаты производились. Начиная с I квартала 2022 года подавать форму в отношении филиала уже не придется, если, конечно, не появятся работники. При отсутствии выплат физлицам 6-НДФЛ будет нулевым, а подавать нулевой отчет обязанности нет.