На неуплаченную в срок сумму авансового платежа по УСН за 1 квартал будут начислены пени за каждый день просрочки. В связи с этим задолженность по авансу за 1 квартал необходимо погасить как можно скорее. Сделать это нужно отдельно платежкой с указанием, за какой период происходит уплата. Если вы просто прибавите сумму недоимки к авансовому платежу за полугодие, то пени продолжат начисляться, а сумма авансового платежа за 1 квартал будет расценена налоговым органом как переплата аванса за полугодие.