Здравствуйте!
Согласно положениям п. 3.1 ст. 346.21 НК РФ, авансовые платежи по УСН подлежат уменьшению на сумму взносов. Так что ФНС должна учесть их при расчете пеней. О вычете взносов нужно обязательно заявить в декларации (строки 140-143 раздела 2.1.1), ведь уменьшение платежей по УСН — это лишь право налогоплательщика.
С 2023 года вычесть из платежей по УСН можно сразу все подлежащие уплате взносы независимо от того, когда фактически они были перечислены. И это может существенно снизить пени. Главное — правильно распределить вычет по периодам.

Например, ежеквартальный налог ИП — 30 000 р., взносы за 2023 год — 65 842 р. (фиксированные + 1% свыше 300 000 р.). Вне зависимости от даты уплаты взносов, можно уменьшить до нуля авансы за 1 квартал и полгода. Для этого в строке 140 следует отразить 30000, а в строке 141 — 60000. Получится, что аванс платить было не нужно, значит, не должно быть и пеней.
Исчисленный аванс за 9 месяцев нарастающим итогом составит 90 000 р., но его можно уменьшить на 65 842 р. В строках 142 и 143 нужно отразить 65842 — это максимальный вычет в нашем примере.

К доплате за 9 месяцев сумма аванса составила 90 000 - 65 842 = 24 158 р. Ее нужно было внести до 30.11.2023 (28 ноября была суббота). С 01.12.2023 ежедневно будут начисляться пени по 1/300 ставки Банка России, действующей в тот же день. Сумма недоимки, к которой будет применяться эта ставка, будет рассчитываться также ежедневно. Рассмотрим 3 варианта развития событий:
1. ИП уплатил аванс за 3 квартал с опозданием, например, 05.02.2024. Налог за год в сумме 30 000 р. он перечислил вовремя — до 02.05.2024 (перенос с 28.04.2024). Пени будут начислены за каждый день периода с 01.12.2023 по 05.02.2024 исходя из суммы недоимки 24 158 р.

2. ИП уплатил аванс за 3 квартал с опозданием, 05.02.2024. И с доплатой налога он тоже опоздал и внес его только 13.05.2024. Пени будут начислены ежедневно с 01.12.2023 по 05.02.2024 на сумму недоимки 24 158 р., а также с 03.05.2024 по 13.05.2024 — на сумму недоимки 30 000 р.

3. ИП на 02.05.2024 не погасил недоимку по авансу за 3 квартал, а также не заплатил годовой налог. Тогда пени будут начисляться так: ежедневно с 01.12.2023 по 02.05.2024 — на сумму недоимки 24 158 р., а с 03.05.2024 по день погашения всей задолженности — на сумму недоимки 54 158 р. (24 158 + 30 000).