Дополнительный 1% взносов считается с суммы вмененного дохода, рассчитанного по формуле налога ЕНВД. То есть, вам надо сложить суммы налоговых баз, указанных в декларациях за каждый квартал. Например, в одной квартальной декларации вмененный доход равен 100 000 рублей, значит, за год это будет 400 000 рублей.
С выручки налог на ЕНВД не считается, независимо от того, куда он поступает - в кассу или на расчетный счет. Если это магазин, то считают с площади торгового зала, если выручка от услуг, то по соответствующему физпоказателю.