Добрый день!
Чтобы точно ответить, нужно знать, в каком регионе зарегистрирована компания.
Пониженные ставки вводятся законами субъектов РФ и применяются в целом к доходам от “упрощенной” деятельности. Однако региональные власти устанавливают условия для применения таких ставок. Например, распространенное условие: если доля дохода от льготной деятельности не менее 70%, то применяется пониженная ставка, а если менее - обычная. Если при этом компания получила от льготной деятельности 60%, а от сдачи в аренду нежилого помещения - 40% дохода, то условие для применения льготной ставки не выполнено. Значит, нужно ко всем доходам применять обычную ставку.
Это лишь пример, на практике условия бывают разными. Поэтому вам нужно посмотреть в законе своего региона, какие условия установлены для применения вашей льготной ставки. И выполняются ли они с учетом аренды. Если выполняются, то платить налог нужно по льготной ставке.