В соответствии с положениями ст. 226 НК РФ налоговыми агентами по НДФЛ признаются, российские организации, ИП, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в РФ. Эти лица при выплате дохода физлицам обязаны удержать с него НДФЛ и перечислить этот налог в бюджет.
Физлица, являющиеся плательщиками НПД, в указанном перечне не приведены.
Таким образом, если плательщиком НПД является физлицо, то оно не обязано платить в бюджет НДФЛ при аренде помещения у физлица. А вот если самозанятым является ИП, то он уже выступает в качестве налогового агента и должен уплатить в бюджет НДФЛ с дохода, выплаченного физлицу-арендодателю помещения.