Здравствуйте!
Согласно пп. “а” п. 1 ст. 2 закона № 176-ФЗ от 12.07.2024, плательщики УСН определяют доход по правилам, содержащимся в ст. 346.15 и пп. 1 и 3 п.1 ст. 346.25 НК РФ. Эти правила никак не связаны с тем, облагается ли операция НДС или нет. Специальных указаний на то, что нужно исключить доход от необлагаемых НДС операций, в законе № 176-ФЗ тоже нет. Указано лишь, что исключаются доходы в виде положительной курсовой разницы и определенных субсидий.
Согласно методическим рекомендациям ФНС (вопрос 5) (https://media.nalog.ru/html/sites/www.new.nalog.ru/files/media/metodichk...), если до 1 января 2025 и после этой даты компания применяет УСН, то 60 млн рублей считается по тем же правилам учета доходов, как и доходы для расчета налога по УСН. О том, что нужно исключать доходы от необлагаемых НДС операций, также не говорится.
При этом, если компания на УСН должна в 2025 году исчислять и уплачивать НДС в бюджет, но осуществляет необлагаемые этим налогом операции, то по таким операциям платить НДС не нужно. Однако нужно подавать декларацию (вопрос 2 из методички ФНС).
На основании этого мы полагаем, что вам нужно подсчитать весь доход за 2024 год с учетом дохода от реализации товаров медназначения. И если он более 60 млн рублей, то в 2025 году вам придется платить НДС с облагаемых операций. Если же вы занимаетесь исключительно реализацией медизделий и другой необлагаемой НДС деятельностью (перечень приводится в ст. 146 и ст. 149 НК РФ), то вам нужно будет только подавать декларации.