Не совсем понятно, что вы имеете в виду. Если фирменное наименование юридического лица, то его запатентовать нельзя. Однако организация, которая зарегистрировалась с определенным наименованием раньше, вправе требовать от организации-тёзки, работающей в той же отрасли, сменить наименование на другое на основании статьи 1474 ГК РФ. Если же речь идет от товарном знаке, то эта процедура регламентирована Минэкономразвития в приказе от 20 июля 2015 года № 483. Свидетельство на товарный знак выдает Федеральная служба по интеллектуальной собственности (Роспатент). Регистрацией занимается ее подведомственное учреждение — Федеральный институт промышленной собственности (ФИПС).