Суммы, которые ИП самостоятельно вносит на расчетный счет, доходом не являются и при расчете лимита на ПСН учитываться не должны.

В подпункте 1 пункта 6 статьи 346.45 НК РФ сказано, что ИП считается утратившим право на применение ПСН, если с начала календарного года его доходы от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 Кодекса, превысили 60 млн рублей. Согласно статье 249 НК РФ, доходом от реализации признается выручка от реализации товаров, работ, услуг (собственных или приобретенных ранее), а также выручка от реализации имущественных прав. Взнос собственных средств ИП на расчетный счет — это операция, никак не связанная с реализацией указанных активов, поэтому доходом считаться не может.

ИП достаточно иметь подтверждающие внесение средств банковские документы (выписку, платежку / квитанцию). Предприниматель должен фигурировать в них как вноситель денег, а в назначении платежа должно быть указано, что это взнос собственных средств ИП. В таком случае проблем быть не должно.