Здравствуйте!
Для такого случая есть рекомендация Минфина из письма от 05.07.2021 № 03-11-09/53236. Оно доведено ФНС до районных инспекций письмом от 16.07.2021 № СД-4-3/10084@ и обязательно для выполнения.
Алгоритм такой:
1. ИП подает заявление на получение нового патента (Патента 2) с уменьшенным размером физического показателя (то есть на 5 квартир вместо 6). Новый патент запрашивается с определенной даты – не ранее, чем через 10 дней. Ведь подавать заявление на патент нужно не позднее, чем за 10 дней до начала новой деятельности.
2. Одновременно с этим ИП подает заявление в свободной форме (ссылается в нем на первое заявление и указывает его реквизиты), в котором поясняет, что новый патент нужен на замену Патенту 1 из-за уменьшения физического показателя. А также просит пересчитать налог по Патенту 1.
3. ФНС выдает новый Патент 2 на 5 квартир. А Патент 1 аннулирует и делает по нему перерасчет. Платеж по Патенту 2 станет меньше. А если деньги уже были уплачены, переплата вернется на ЕНС.

Не стоит делать разрыв между датами из п. 1 и п. 2. То есть даже если фактически ИП квартиру уже продал и не сдает в аренду, лучше все равно просить пересчет налога по Патенту 1 с будущей даты начала действия Патента 2. Иначе получится, что какое-то время ИП сдавал недвижимость вообще без патента, а значит, за этот период нужно отчитаться по УСН или ОСН.