Вообще-то странно, что в МФЦ у вас приняли уведомление о переходе на УСН. МФЦ занимается регистрационными процедурами, к которым переход на УСН не относится. Обычно при подаче заявления на упрощенную систему налоговый инспектор проставляет отметку на втором экземпляре. Как правило, это и является подтверждением выбора системы налогообложения.

Чтобы подтвердить переход на УСН в вашем случае, напишите запрос в свободной форме в свою инспекцию. Вам должны выслать информационное письмо по форме 26.2-7, которое и будет подтверждением выбора УСН.