Здравствуйте, если вы в реальности не ведете еще деятельность по новым кодам, а только хотите их добавить, никто вас штрафовать не будет. Сообщать надо в течение трех дней с момента реального начала новых видов деятельности.
Что касается выбранных кодов:
1. Коды из трех цифр указывать нельзя, хотя они есть в классификаторе. В заявлении надо указывать коды, имеющие не менее 4-х цифр, иначе вам откажут в регистрации изменений.
2.Если вы работаете по коду 49.41,то код 49.41.3 в него входит, поэтому сообщать о нем не надо.