Формально всеми регистрационными процедурами занимается одна инспекция - та, куда вы подавали заявление на регистрацию ИП. Однако в некоторых инспекциях негласно действует порядок приема и передачи документов на вторичную регистрацию, в частности, формы Р24001 для ИП. Просто уточните в инспекции по месту прописки, обязательно ли вам подавать заявление только в регистрирующую ИФНС, или можно по месту.

Кроме того, форму Р24001 принимают некоторые МФЦ, если эта услуга есть в их договоренности с регистрирующими органами.