Форма Р24001 заполняется в соответствии с приказом ФНС России от 25.01.2012 N ММВ-7-6/25@. В документе есть только такие требования к заполнению полей: "15.10.1. В разделе 1 "Сведения о кодах по Общероссийскому классификатору видов экономической деятельности, подлежащие внесению в Единый государственный реестр юридических лиц" указывается не менее четырех цифровых знаков.
15.10.2. Раздел 2 "Сведения о кодах по Общероссийскому классификатору видов экономической деятельности, подлежащие исключению из Единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей" заполняется в соответствии со сведениями, содержащимися в Едином государственном реестре индивидуальных предпринимателей."

То есть, если вы просто добавляете код ОКВЭД, но при этом не намерены отказываться от уже имеющихся кодов, отказ неправомерен. Добавление кода не означает, что взамен него вы должны исключить какой-то другой.