Ошибки возможны при любой форме подачи. В решении об отказе налоговая инспекция должна указать, какие ошибки допущены.
Пошлину при отказе не возвращают, потому что она взимается не за сам факт регистрации ИП, а за рассмотрение документов. Однако, если в причинах отказа указаны подпункты "а", "ц" пункта 1 статьи 23 закона № 129-ФЗ, то можно повторно подать документы. Подробнее здесь https://www.regberry.ru/news/pri-povtornoy-podache-dokumentov-na-registr...
Кроме того, если документы заверялись усиленной квалифицированной электронной подписью, с 2019 года пошлину за регистрацию вообще платить не надо было.