Подать документы на регистрацию ИП вы можете любым удобным для вас способом:
• обратившись лично в регистрирующую ИФНС;
• подав их через МФЦ. Госпошлину в этом случае нужно заплатить на реквизиты МФЦ.
• направив документы по почте заказным письмом с описью вложения.
• в электронной форме, подписав их ЭЦП.
Наличие ЭЦП не обязывает вас подавать документы именно в электронной форме, это ваше право, а не обязанность. Обратите внимание, что при подаче документов в электронной форме уплачивать госпошлину за регистрацию в качестве ИП (800 руб.) не нужно.