Дело в том, что согласно последней позиции Минфина отсутствие трудового договора с единственным учредителем не означает отсутствие трудовых отношений. В письме от 20 ноября 2019 г. № 03-12-13/89698 Минфин пишет: «Если руководителем организации является ее единственный учредитель, то трудовые отношения с лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества в качестве генерального директора, как с работником оформляются не трудовым договором, а решением единственного участника. При этом отсутствие заключенного трудового договора с руководителем организации не означает отсутствия трудовых отношений. На основании этого в указанном Определении Высшим Арбитражным Судом Российской Федерации сделан вывод, что выплаты в пользу руководителя организации, в том числе являющегося единственным учредителем (участником) организации, рассматриваются как выплаты, производимые в рамках трудовых отношений».
Однако в вашем случае выплат в пользу руководителя уже нет. Вы можете сослаться на сайт ФНС, указав, что при отсутствии одной из сторон трудового договора он не может быть заключен. Следовательно, руководитель организации, являющийся ее единственным учредителем и членом организации, не может сам себе начислять и выплачивать заработную плату. Дополнительно можно указать, что из-за сложного финансового положения в компании нет средств на выплату зарплаты, поэтому директор руководит ООО на основании решения единственного учредителя и не получает за это никакого вознаграждения. К сожалению, невозможно предположить, как к этому отнесется ваша ИФНС, потому что единый подход к этому вопросу до сих пор не выработан.