Добрый день, ответственность учредителя наступает только после того, как юрлицо, чьим учредителем он является, перестает отвечать по своим обязательством, и началась процедура банкротства. Причем, кредиторы должны доказать, что несостоятельность вызвана действиями или бездействием учредителя. В вашем вопросе такая ситуация не описывается, поэтому учредитель пока не несет ответственности за нарушение условий гранта.
Что касается директора, то он несет ответственность за деятельность от имени юрлица, в данном случае, за срыв сроков и календарного плана. Однако, как вы пишете, организации вменяют в вину не целевое использование средств. Возможно, что обвинение вызвано тем, что вы не соблюли сроки их расходования. Здесь надо изучать условия договора, чтобы знать, какие случаи являются признаком не целевого расходования, и можете ли вы опровергнуть эти претензии. К сожалению, индивидуальных консультаций по таким вопросам мы не даем, советуем обратиться за юридической помощью.