После того, как учредитель создал ООО, он уже не имеет права на имущество, принадлежащее организации, даже если это имущество - его вклад в уставный капитал. Вы пишете, что магазин является собственностью ООО. В таком случае учредитель ни в качестве физлица, ни в статусе ИП не имеет на него никаких имущественных прав. Максимум, что можно сделать - передать помещение в аренду. В этом случае надо учитывать, что такие сделки находятся под контролем налоговых органов, поэтому арендная плата не должна быть слишком низкой по сравнению с аналогичными помещениями в вашем городе.