В форме Р24001 нужно заполнять листы, на которых отражается измененная информация. В вашем случае лист 001 и страницу Е. На листе 001 в пункте 2 поставьте код «1» - изменение сведений об ИП. В пункте 3 также укажите код «1» и впишите новый email. Именно этот адрес будет отражен в ЕГРИП, то есть станет публичным. На листе Е в пункте 2 нужно указать электронный адрес, на который ИФНС вышлет документы. Этот email будет виден только налоговому органу. Электронные адреса на странице 001 и листе Е могут совпадать или отличаться.

Листы, которые не заполняются, в состав заявления не включаются и, соответственно, не нумеруются. То есть в Вашем случае на листе Е нужно указать номер страницы 002.