Чисткой ЕГРЮЛ налоговая служба занимается уже полгода, о чем мы писали https://www.regberry.ru/news/fns-zaverila-chto-dobrosovestnym-kompaniyam...

К сожалению, при этом ИФНС не всегда бывают объективными, например, при полном документальном оформлении, но при отсутствии директора на месте во время проверки, адрес признают недостоверным, несмотря ни на что. Обычно, в качестве доказательства достоверности адреса, в налоговую представляют договор аренды офиса, свидетельство о праве собственности на помещение, фотографии вывески и рекламы, письма госорганов, полученные по этим контактам и др. При этом надо быть готовым к тому, что ничего из этого во внимание признаваться не будет. https://www.regberry.ru/registraciya-ooo/nedostovernye-svedeniya-v-egryul
Вам надо было сразу прийти на прием в свою инспекцию и объясниться, тем более, что договор аренды не был вовремя продлен.

Сейчас единственный выход - идти в свою ИФНС, к инспектору или записаться сразу к начальнику и получить у них консультацию, что делать дальше. Вполне возможно, что имеющийся адрес придется сменить, тогда уже будете обращаться в 46-ую ИФНС.

Рассчитывать на объективность и понимание налоговиков в такой ситуации вряд ли возможно, вы вправе обратиться в суд, но это время и деньги. Проблема действительно острая, но ее в итоге решают тысячи организаций.