При миграции организации из одного региона в другой налогоплательщик не осуществляет действий по постановке на учёт, кроме представления документов (уведомления и подтверждающих документов по юридическому адресу). Налоговый орган по предыдущему месту регистрации передает все документы (регистрационные и учредительные) в налоговую инспекцию по новому месту постановки на учёт, в том числе и по применяемому организацией режиму налогообложения.
Если в отношении организации было вынесено решение об отказе в постановке на учёт по новому месту регистрации, то она должна устранить основания, послужившие отказом и подать документы снова.
Обратите внимание, что пока налоговый орган по новому месту регистрации не провел регистрационных действий организация остаётся на учёте в старом налоговом органе. Рекомендуем также обратиться по вашему вопросу на горячую линию ФНС.