Дело в том, что согласие собственника на регистрацию ООО в квартире не входит в обязательный перечень документов, указанный в законе "О регистрации ИП и юрлиц". Соответственно нет официального порядка как написания согласия, так и его отзыва.

В то же время в Постановлении Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 61 указано, что регистрация по адресу жилого объекта недвижимости допустима только в тех случаях, когда собственник объекта дал на это согласие. То есть, регистрация ООО в квартире без согласия не допускается.

Учитывая, что нормативных актов о порядке отзыва согласия собственника нет, за разъяснениями надо обращаться в саму регистрирующую инспекцию.