Договор аренды для нежилого помещения в принципе не составляется, для этого есть договор найма. Но если человек прописан в квартире, тем более у матери, ему и договор найма тоже не нужен.

Мы располагаем ответом советника государственной гражданской службы РФ 2 класса И.В. Просекова (ИФНС России по Кургану), где на такой же вопрос сказано, что представление договора аренды жилого помещения для госрегистрации ООО не требуется. Этого документа нет в перечне обязательных из статьи 12 Закона N 129-ФЗ.

На основании этого полагаем, что требования налоговиков в вашем случае не обоснованы, рекомендуем обратиться с жалобой в вышестоящую ИФНС.