Здравствуйте! Мы полагаем, что ФНС такое не примет, поскольку расходы не будут обоснованы.
Регистрация организации на домашний адрес директора (учредителя) не означает, что в этом помещении можно вести какую-то деятельность. В жилом помещении нельзя разместить офис, не говоря уже о производстве или складе. Жилое помещение предназначается только для проживания граждан (ч. 2 ст. 288 ГК РФ, ч. 2 ст. 671 ГК РФ). Организация может арендовать квартиру лишь с одной целью - поселить туда людей. Например, использовать как временное жилье для сотрудников.
Регистрация юрлица в квартире, где на законных основаниях проживает руководитель (учредитель) означает лишь то, что этот адрес будет использоваться в качестве юридического. Это место, где находится руководство компании, и куда ФНС может прислать ему письмо. Арендовать в этом случае ничего не требуется, но нужно получить согласие собственников. Более того, арендовать юридический адрес отдельно от помещения нельзя. Взять в аренду можно только имущество (вещи) - это следует из ст. 607 ГК РФ. Поэтому договор аренды юрадреса без помещения будет ничтожным.
Получается, что арендовать жилое помещение под размещение организации запрещено, арендовать юрадрес без помещения тоже нельзя. А раз ничего не арендуется, то нет и расходов по аренде.