В данном случае размер доли учредителей не имеет значения, все три заявителя обратились за получением услуги по регистрации ООО, поэтому сумма госпошлины делится в равных долях на всех.
В письме ФНС от 08.08.13 № 03-05-06-03/32177 приводится как раз такой случай и говорится, что за государственную регистрацию юридического лица, создаваемого тремя учредителями, должна быть уплачена государственная пошлина каждым учредителем в размере 1/3 от 4000 рублей.