Если учредитель не единственный, то с директором заключается трудовой договор, который обязательно предполагает выплату зарплаты и взносов. Можно оформить директора на неполный рабочий день или неделю, или отправить его в отпуск без содержания. Однако существует риск налоговых споров о легитимности документов, если директор подписывал их в дни, когда он по графику не работал или находился в отпуске без содержания. Для снижения рисков рекомендуем приказом отзывать директора из отпуска каждый раз, когда это требуется и оплачивать отработанные дни.
Что касается установления зарплаты только в виде процентов, то это противоречит Трудовому кодексу. Можно установить оклад в размере МРОТ плюс проценты.
В отношении трудовых выплат - это сама зарплата, взносы на нее и соцвыплаты: отпуск и больничный.

Верно, может быть месяц и более в неоплачиваемом отпуске, оплачиваются дни по табелю учета рабочего времени.