Подать документы на регистрацию может лично учредитель в ИФНС. В этом случае не надо заверять у нотариуса форму Р11001. Гендир может подать документы только по нотариальной доверенности.
Способ получения регистрационных документов ООО указывается в самой форме Р11001: лично заявителю; лицу по доверенности; по почте. Если указан заявитель, т.е. учредитель, то и забрать документы может только он. Генеральный директор в этом случае может забрать документы по доверенности, однако этот способ надо указывать заранее, при подаче формы Р11001.