Здравствуйте, руководителя вы можете выбрать вдвоем, если устав позволяет это сделать. Имеется в виду количество голосов - если это простое большинство, то два учредителя с долями по 1/3 вправе это сделать без участия представителей наследников. Если указано больше, например, 75%, то до вступления наследников в наследство нотариус заключает договор доверительного управления имуществом. В том числе, подписывает протоколы общего собрания участников для неотложных и необходимых вопросов по хозяйственной деятельности ООО.
Что касается перехода доли к наследникам, то это прописано в вашем уставе. Если переход доли требует согласия участников, а вы его не дадите, то просто надо выплатить наследникам стоимость доли.