Из вашего вопроса неясно, прошло ли увеличение уставного капитала по бухгалтерии. Если да, то составляйте решение днем проведения суммы или внесения имущества. Если увеличение УК в бухгалтерии еще не отразилось, то тоже составляйте решение максимально поздней датой. Далее действуете по инструкции - меняете устав, заполняете форму Р13001 и подаете документы на регистрацию в ИФНС. Штрафа быть не должно. Дело в том, что закон указывает срок регистрации изменений, за которые следует штраф, только в отношении формы Р14001.