Здравствуйте! В вашей ситуации речь не о закрытии основного подразделения, а о смене юридического адреса. Проведите общее собрание участников, примите решение об изменении юрадреса на адрес, по которому сейчас зарегистрировано обособленное подразделение. Затем зарегистрируйте все это в установленном порядке. Процедура будет зависеть от ситуации. Подробнее – в этой статье.
После регистрации получится, что по одному адресу у вас зарегистрирована головная организация и обособленное подразделение, но они имеют разные КПП. Поскольку по факту ОП больше не обособлено от головной компании, его нужно закрыть в порядке, который описан в статье выше – через подачу формы С-09-3-2. Аналогичная ситуация была рассмотрена Минфином в письме от 08.07.13 № 03-02-07/1/26374.