Деньги на расчетном счете - это имущество ИП, которым он вправе распоряжаться на свое усмотрение. Да, действительно есть риск, что при проверке деятельности, если она будет назначена, налоговая инспекция может запросить объяснение по расходу средств.

Такой перевод денег может быть косвенным признаком оказания услуг этим физлицом вашему ИП, но доказать это без других документов и обвинить вас в нарушении закона налоговой инспекции в этой ситуации будет сложно.