Судя по статье 9 закона "О госрегистрации" свидетельствование в нотариальном порядке подписи заявителя на представляемых при государственной регистрации заявлении, уведомлении или сообщении не требуется в случае направления документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью заявителя.
Однако, из опыта наших партнеров и пользователей известно, что 46-ая ИФНС в Москве принимает таким образом только форму Р14001, но не Р13001. Рекомендуем уточнить этот вопрос в вашей инспекции до подачи документов.