Здравствуйте, тут уж как повезет. Нормативных документов о подтверждении способа оплаты через сайт ФНС, нет. Если налоговая инспекция получает подтверждение платежа по своим каналам, то все в порядке. Если нет - заставят принести подтверждение платежа от банка, через который проходила оплата.
В нашей практике есть даже случай, когда в Воронеже не принимали квитанцию, оплаченную в Сбербанке Москвы, потому что был только оттиск на квитанции, но не было дополнительно кассового чека.
Если есть возможность оплатить обычным способом, то советуем воспользоваться им.